Aunque los mecanismos y los efectos de El Niño en el clima son conocidos por los científicos, y a pesar de esto nose conoce si es que el calentamiento global afecta directamente en el proceso de ese fenómeno. "Hay que tener en cuenta que El Niño es un fenómeno natural". Por lo que "Si la presencia de gases de efecto invernadero puede alterar, modificar o modular la frecuencia, la intensidad o las características de este fenómeno, es un tema que está abierto a debate y sobre el que no se puede realizar ninguna afirmación rotunda".
Esto se da porque no se dispone de suficientes datos para realizar afirmaciones acertadas sobre ciertos aspectos del clima. Sobre la existencia de modelos que indican una relación entre la El Niño y el cambio climático, la investigadora llamada Blade nos dice que: "cuando no tenemos datos suficientes, hacemos modelos, pero si los modelos no están de acuerdo unos con otros, como sucede en este caso, la incertidumbre es muy grande".
Afectado o no, debemos considerar que este fenómeno puede generar un desastre mayor si es que no se hacen las precauciones necesarias para soportarlo. Por eso se debería empezar a invertir en obras de prevención de tal forma que en los Niños siguientes el daño generado sea menos.
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